conda python环境创建及调试

默认python环境为 2.7，且没有相关的依赖包。假设您需要使用python依赖包或者更高版本的python环境，推荐您自行创建python环境以及安装依赖包，平台可使用山河源进行conda 安装软件搭建环境

0. 前置条件-添加host
vi /etc/hosts
### 追加一行 10.251.102.1 mirrors.shanhe.com
10.251.102.1 mirrors.shanhe.com
:wq
ping mirrors.shanhe.com ####确认是否与山河源通

1. miniconda下栽地址 https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html

2. 安装完成后编辑家目录中的 .condarc 文件，使用如下命令内容填充

   cat > ~/.condarc << "EOF"
   channels:
     - defaults
   show_channel_urls: true
   default_channels:
     - https://mirrors.shanhe.com/anaconda/pkgs/main
     - https://mirrors.shanhe.com/anaconda/pkgs/r
     - https://mirrors.shanhe.com/anaconda/pkgs/msys2
   custom_channels:
     bioconda: https://mirrors.shanhe.com/anaconda/cloud
     conda-forge: https://mirrors.shanhe.com/anaconda/cloud
   ssl_verify: false
   EOF

2024年11月更新！！！

2024年之后最新版conda安装之后，conda安装后的主目录会生成.condarc文件，请将conda主目录自带的.condarc文件进行删除或将以上通道添加到主目录下的.condarc文件，覆盖里面自带的通道，否则冲突报错

3. 添加host

   vi /etc/hosts
   ### 追加一行 10.251.102.1 mirrors.shanhe.com
   10.251.102.1 mirrors.shanhe.com
   ## 保存后退出 ：wq

4. 创建conda环境

   conda create -n python39 python=3.9
   # -n: 设置新的环境的名字
   # python=3.9 指定新环境的python的版本，非必须参数
   # 这里也可以用一个-y参数，可以直接跳过安装的确认过程。

5. conda环境使用

   # 启动加载python环境
   conda activate python39

   # conda 安装命令
   conda install gatk 

   # 安装指定版本 
   # conda install 软件名=版本号 
   conda install gatk=3.7

   # conda 搜索需要的安装包
   conda search gatk

   # 更新指定软件
   conda update gatk

   # 卸载指定软件
   conda remove gatk

6. 账户初始化conda环境

   # 将 conda 环境以及创建 ，账户自动加载
   # 将如下命令加入 ~/.bashrc 文件中
   
   conda activate python39

# 下面举例了pip安装numpy库两种方式
#方式1
mkdir ~/.pip
cd ~/.pip
vim pip.conf

[global]
index-url=https://mirrors.shanhe.com/simple
trusted-host = mirrors.shanhe.com

:wq
pip install nump
##方式2 
pip install nump -i https://mirrors.shanhe.com/simple

附2：conda 安装pytorch

# 修改condarc 在 custom_channels: 下添加 pytorch: https://mirrors.shanhe.com/anaconda/cloud
vim ~/.condarc 
pytorch: https://mirrors.shanhe.com/anaconda/cloud
#pytorch 官网 根据当前环境选择安装版本 https://pytorch.org/get-started/locally/
##选择好后安装 
conda install pytorch torchvision torchaudio pytorch-cuda=11.7 -c pytorch -c nvidia