📄️ BLAST
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。
📄️ BWA
BWA是为二代测序的短序列比对参考序列（reference，fasta格式）而开发的比对软件。需要先对参考序列建库。根据测序方法的不同，有单末端序列（single-end，SE）比对和双末端序列（pair-end，PE）比对。
📄️ NWChem
NWChem是运行在高性能并行超级计算机和通常工作站集群上的计算化学软件，可以用在大多数计算平台上。NWChem使用标准量子力学描述电子波函或密度，计算分子和周期性系统的特性，还可以进行经典分子动力学和自由能模拟。
📄️ rpeatMasker
rpeatMasker和RepeatModeler安装及使用
📄️ topas
TOPAS 包装并扩展了 Geant4 模拟工具包，使医学物理学家更容易使用各种形式的放射治疗的高级蒙特卡罗模拟。 TOPAS 可以对 X 射线和粒子治疗治疗头进行建模，基于 CT 图像对患者几何形状进行建模，对剂量、能量等进行评分，保存和回放相空间，提供高级图形，并且是全四维 (4D)处理治疗期间光束传输和患者几何形状的变化。 TOPAS 用户配置预先构建的组件（例如喷嘴、患者几何形状、剂量测定和成像组件）来模拟各种放射疗法，而无需了解底层 Geant4 模拟工具包或任何编程语言。模拟的所有方面，包括所有 4D 行为，都由独特的 TOPAS 参数控制系统控制。