lammps

LAMMPS

LAMMPS提供了元素周期表中原子对应的经验势函数，可进行与实际体系对应的分子动力学模拟，例如计算金属铝的晶格常数，或水的密度，得到与实验吻合的结果。另一方面也提供了多种模型势函数，可用于进行粗粒化模拟，例如模拟基于粒子-弹簧模型的高分子链的性质。 LAMMPS作为实用程序包，采取了很多成熟的优化算法。例如在短程相互作用的计算中运用韦尔莱表和元胞列表优化临近粒子的扫描。

一、脚本模板

#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=1                   # 节点数量
#SBATCH --ntasks-per-node=56        # 每个节点核心数量
#SBATCH --ntasks=56                 # 总核心数
#SBATCH --partition=g2_share        # 队列分区且必须指定正确分区
#SBATCH --job-name=hello            # 作业名称
#SBATCH --output=hello.%j.out       # 正常日志输出 (%j 参数值为 jobId)
#SBATCH --error=hello.%j.err        # 错误日志输出 (%j 参数值为 jobId)

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#          Software Envrironment             #
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unset I_MPI_PMI_LIBRARY                        # 取消默认mpi库，使用intel自带
export I_MPI_JOB_RESPECT_PROCESS_PLACEMENT=0   # intel 多节点作业所需修改参数 
module load intel/2022 intelmpi/2022           # intel 环境加载
module load lammps                             # 软件加载(参考module使用方法，选择具体版本)

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#               Run job                      #
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ulimit -s unlimited
ulimit -l unlimited
mpirun lmp_mpi -i in.lj.txt                    # 将in.lj.txt 修改为实际输入

算例运行报错问题

##报错内容如下
ERROR- Unrecognized par style meam/c' is part of the USER-MEAMC package 
which is not enabled in his LAMMPS bmary last command' patrstyle meam/c
## 作业现象提交后里面结束 原因为lammps 安装少包 USER-MEAMC 建议更换加载的lammps版本，或者联系技术支持人员进行安装