【3.3】软件安装

软件安装

一， 软件编译流程（建议）

目前超算平台有两种编译环境，涵盖Intel和GNU编译器，可通过module的使用方法加载编译环境。

如每次都需要使用，则可在用户目录下的 .bashrc 文件中进行添加，使其登陆后自动加载编译环境。

软件编译大致流程如下：

（1）准备
配置编译之前，查询官方资料并确定需求的编译环境、依赖库、软件需要安装的组件以及软件安装的位置等。

（2）配置
软件的配置信息保存在一个configure文件中，该文件是由autoconf工具生成的，通过运行该脚本加入--help或-h参数获取具体软件的编译参数。

a.常规使用方法，软件配置执行 ./configure --prefix=folder，使用--prefix参数指定安装位置即可。
b.如若使用Intel编译器进行程序编译，则可使用F77=ifort FC=ifort CC=icc CXX=icpc ./configure --prefix=folder 命令指定编译器。

（3）编译
使用make命令进行编译，通常使用-j参数指定编译的线程数(不加参数默认使用机器核心数为线程数)，默认执行make即可，也可指定make -j 线程数 命令，进行多线程加速。

（4）安装
make命令编译完成且无报错后，执行make install命令，即可将软件安装在configure中prefix参数指定的安装目录中。

备注：对于简单的源程序，可以通过编译器先生成目标文件再链接多个目标文件生成可执行文件。

二， python环境安装及使用（conda工具）

集群默认python环境为 2.7，且没有相关的依赖包。假设您需要使用python依赖包或者更高版本的python环境，推荐您自行创建python环境以及安装依赖包（module中只有一个 3.9 环境）

1. 需要填充家目录中的 .condarc 文件，执行如下命令

cat > ~/.condarc << "EOF"
channels:
  - defaults
show_channel_urls: true
default_channels:
  - https://mirrors.shanhe.com/anaconda/pkgs/main
  - https://mirrors.shanhe.com/anaconda/pkgs/r
  - https://mirrors.shanhe.com/anaconda/pkgs/msys2
custom_channels:
  bioconda: https://mirrors.shanhe.com/anaconda/cloud
  conda-forge: https://mirrors.shanhe.com/anaconda/cloud
ssl_verify: false
EOF

2. 加载conda环境

module load conda3

3. 创建conda环境

conda create -n python39 python=3.9
# -n: 设置新的环境的名字
# python=3.9 指定新环境的python的版本，非必须参数
# 这里也可以用一个-y参数，可以直接跳过安装的确认过程。

4. conda使用

# 启动加载python环境
conda activate python39

# conda 安装命令
conda install gatk 

# 安装指定版本 
# conda install 软件名=版本号 
conda install gatk=3.7

# conda 搜索需要的安装包
conda search gatk

# 更新指定软件
conda update gatk

# 卸载指定软件
conda remove gatk

5. 账户初始化conda环境

# 将 conda 环境以及创建 ，账户自动加载
# 将如下命令加入 ~/.bashrc 文件中
module load conda3
conda activate python39

附：使用pip命令安装软件

# 下面举例了pip安装numpy库
pip install numpy -i https://mirrors.shanhe.com/simple --trusted-host mirrors.shanhe.com

三， 二进制安装（不建议）

假设您有特权的话，您可以使用二进制的方式进行软件安装，如yum及rpm命令

0. 前置条件-添加host

vi /etc/hosts
### 追加一行 10.251.102.1 mirrors.shanhe.com
10.251.102.1 mirrors.shanhe.com
## 保存后退出 ：wq

1. CentOS7 yum源配置

# 修改文件 /etc/yum.repos.d/CentOS-Base.repo
# 改为一下内容
[base]
name=CentOS-$releasever - Base - mirrors.shanhe.com
failovermethod=priority
baseurl=http://10.251.102.1/centos/$releasever/os/$basearch/
gpgcheck=0
enabled=1 

[epel]
name=Extra Packages for Enterprise Linux 7 - $basearch
baseurl=http://10.251.102.1/epel/7/$basearch
failovermethod=priority
enabled=1
gpgcheck=0

3. 使用yum命令进行操作

# 1. 列出所有可更新的软件清单命令：yum check-update
# 2. 更新所有软件命令：yum update
# 3. 仅安装指定的软件命令：yum install <package_name>
# 4. 仅更新指定的软件命令：yum update <package_name>
# 5. 列出所有可安裝的软件清单命令：yum list
# 6. 删除软件包命令：yum remove <package_name>
# 7. 查找软件包命令：yum search <keyword>