bwa

BWA

BWA是为二代测序的短序列比对参考序列（reference，fasta格式）而开发的比对软件。需要先对参考序列建库。根据测序方法的不同，有单末端序列（single-end，SE）比对和双末端序列（pair-end，PE）比对。

一、脚本模板

#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=1                   # 节点数量
#SBATCH --ntasks-per-node=56        # 每个节点核心数量
#SBATCH --ntasks=56                 # 总核心数
#SBATCH --partition=g3_share        # 队列分区且必须指定正确分区
#SBATCH --job-name=hello            # 作业名称
#SBATCH --output=hello.%j.out       # 正常日志输出 (%j 参数值为 jobId)
#SBATCH --error=hello.%j.err        # 错误日志输出 (%j 参数值为 jobId)

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#          Software Envrironment             #
##############################################
unset I_MPI_PMI_LIBRARY                        # 取消默认mpi库，使用intel自带
export I_MPI_JOB_RESPECT_PROCESS_PLACEMENT=0   # intel 多节点作业所需修改参数
module load intel/2022 intelmpi/2022           # intel 环境加载

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#               Run job                      #
##############################################
export OMP_NUM_THREADS=1

bwa index ref.fa

二、安装

1. 软件安装

module load conda3
conda create -n bwa python=3
conda activate bwa
conda install bwa -c bioconda