gromacs

Gromacs

GROMACS 是一个执行分子动力学的多功能软件包，即模拟具有数百到数百万个粒子的系统的牛顿运动方程，并且是一个社区驱动的项目

一、脚本模板

#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=1                   # 节点数量
#SBATCH --ntasks-per-node=56        # 每个节点核心数量
#SBATCH --ntasks=56                 # 总核心数
#SBATCH --partition=g3_share        # 队列分区且必须指定正确分区
#SBATCH --job-name=hello            # 作业名称
#SBATCH --output=hello.%j.out       # 正常日志输出 (%j 参数值为 jobId)
#SBATCH --error=hello.%j.err        # 错误日志输出 (%j 参数值为 jobId)

 ##############################################
 #          Software Envrironment             #
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unset I_MPI_PMI_LIBRARY                        # 取消默认mpi库，使用intel自带
export I_MPI_JOB_RESPECT_PROCESS_PLACEMENT=0   # intel 多节点作业所需修改参数 
module load gcc/12.1.0 openmpi/4.1.2              # intel 环境加载
module load gromacs/2022.2                            # 软件加载(参考module使用方法，选择具体版本)
export CMX_MAXBACKUP=-1
 ##############################################
 #               Run job                      #
 ##############################################
export GMX_MAXBACKUP=-1
mpirun gmx grompp -f  minimization.mdp -c input.gro -r input.gro -n index.ndx -p topol.top -o input.tpr -maxwarn 99
mpirun gmx mdrun  -s input.tpr -deffnm step -v

二、以下是命令中各个参数的含义：

• mpirun：在多个进程中运行gmx grompp命令。
• gmx：GROMACS软件包的命令前缀。
• grompp：GROMACS软件包中用于准备模拟的程序。
• -f minimization.mdp：指定模拟参数文件的名称。
• -c input.gro：指定输入结构文件的名称。
• -r input.gro：指定参考结构文件的名称。
• -n index.ndx：指定索引文件的名称。
• -p topol.top：指定拓扑文件的名称。
• -o input.tpr：指定输出的模拟文件的名称。
• -maxwarn 99：设置警告的最大数量为99。

• mpirun：使用MPI并行运行程序
• gmx：GROMACS软件的命令前缀
• mdrun：运行分子动力学模拟
• -s input.tpr：输入文件，包含模拟系统的拓扑结构和模拟参数
• -deffnm step：指定输出文件名的前缀为step
• -v：输出详细的运行日志信息